“四部”说是“中医经典”中最为公认的提法。“四部”所指书目不同，主要构成差异在于《神农本草经》《难经》或“温病”，《黄帝内经》《伤寒论》《金匮要略》则相同。亦有从医家角度阐释“四部”，将“四部”理解为“四圣”之作，如《四圣心源》之“医有黄帝、岐伯、越人、仲景，四圣之书”。其中张仲景占据4种中的2种经典，或可理解为从临床出发的“四部”，这可能是四部经典的最早提法。

1.含《神农本草经》的“四部”说

正式提出“四大经典”一词是在1955年第一届“西学中”班，该学习班强调必须学习“中医四大经典著作”，书目为“《内经》《神农本草经》《伤寒论》《金匮要略》”。1960年第一版中医学院试用教材包括《黄帝内经讲义》《伤寒论讲义》《温病学讲义》等，指出“本教材取材于四部古典医籍——《黄帝内经》《神农本草经》《伤寒论》《金匮要略》和历代名著的基本内容”。1964年第二版中医学院试用教材重订本则新增《金匮要略讲义》。

此“四部”说立论目的在于体现学术体系的系统性。医学体系和药学体系是两个不同的体系，这两个体系既有联系又各自独立，共同构成中医学术体系，全面总结了汉以前的医学成就。药学体系将《神农本草经》认定为最早的植物药经典；医学体系以《黄帝内经》之“理”为基础，张仲景经典占据一半，辨证论治重在“方从法出，法随证立”，张仲景从“法”与“方”两方面完善中医学理论体系，证明含《神农本草经》的“四部”说对临床经典的重视。

从“神农尝百草”至《神农本草经》成书，起初零散的本草与经方知识合为一体，归入经方类，经方与医经各自承传。张仲景基于《黄帝内经》六经分类理论，参考《汤液经法》著成《伤寒杂病论》，改变了长期以来理论与临床的分离局面，至此融针灸、本草、医经、经方于一体的中医学全系统建立，构建了辨证论治的学术范式。《医学源流论》云：“其论病，皆本于《内经》，而神明变化之；其用药，悉本于《神农本草》，而融会贯通之；其方，则上古圣人历代相传之经方，仲景间有随证加减之法。”现代研究者基于成书年代、医学理论体系、辨证论治体系形成过程分析，认为《黄帝内经》《神农本草经》《伤寒论》《金匮要略》当为“四大经典”。

2.含《难经》的“四部”说

此说最早见于1979年《中医学基础问答》，指出四大经典为“《内经》《难经》《伤寒杂病论》《神农本草经》”。此提法或与“三部”说有关，其演变历程体现于历版《中国医学史》教材。“三部”说即《黄帝内经》《神农本草经》《伤寒杂病论》，最早见于《中国医学史讲义》（北京中医学院，1964年）。第2、3、4版《中国医学史》均持“三部”说，第5版则增加《难经》，第6版正式称“四大经典”。

该“四部”说基于学术流派统一性，认为秦汉之际医学流派主要有扁鹊学派、黄帝学派和神农学派。秦越人是正史记载的首位医家，扁鹊学派是当时影响深远的学派，这从《天回医简》可窥探一二。有研究者提出《天回医简》或为扁鹊医经的部分内容，《难经》应是扁鹊医经的一部分。《天回医简》之“上经”“逆顺五色”提及“原人血脉经落骨髓阴阳表里”，“下经”指出“起百病之本，死生之分”等，主旨与“方技略”之医经小序重合，成为与《黄帝内经》比肩的现存医经“双臂”。

此说突出《难经》的经典地位，并未动摇《黄帝内经》《伤寒杂病论》的权威性，将张仲景著作合二为一。《伤寒杂病论》以“观其脉证，知犯何逆，随证治之”为原则，合理客观面对临床实际，既有舍证从脉，也有舍脉从证，脉证结合，开“辨脉论治”先声，是运用脉学的方式将医经和经方进行融合的集大成者。经方著作如《五十二病方》《治百病方》等，其主治病证下并未见脉象描述。医经则不同，有研究者指出“扁鹊在学术上的贡献是脉学的创立”，并将“黄帝扁鹊之脉书”定为“战国时期扁鹊学派的著作”。《难经》前二十二难皆论脉诊，《天回医简》乃扁鹊脉书，其“上经”数次引述“敝昔曰”，与《难经》可作互证。现代研究者基于《难经》的历史变迁、寸口脉诊等方面，认为《黄帝内经》《难经》《伤寒杂病论》《神农本草经》当为“四大经典”。